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以敏锐推力解决武术困难案件的高中生侦探工藤新一深受媒体青睐，也得到了警视厅目暮警官（西村雅彦）的赏识。新一的学校决定举办为期三天的修学旅行。但在出行前一天，新一收到一封内容为“修学旅行中，我将绑架你的同学”的挑战书。上面还写着“只要保护好同学就是你赢，否则要你奉还‘高中生侦探’的名号。提示是船上”。一行人将于第一天在湖上巡航一小时。